1.辣椒花的异交性 辣椒为常异花授粉作物，以自交为主，但有一定的天然杂交。不同的品种，甜椒类型，花柱短，其天然杂交率在5％以下；辣椒类型的品种，花柱长，天然杂交率高于20％。在开阔地区，辣椒最小的安全隔离距离是150米。由于辣椒的异交率较低，即使是其他方法制种如雄性不育的利用，也需要人工辅助授粉。
2.繁殖系数高 一般杂交一朵花，辣椒品种能够得到80-200粒种子，甜椒类型可得200粒以上种子。商品辣椒的种植，农户每公顷用种量少，一般每公顷只需要450-600克种子，目前辣椒杂交育种仍以两自交系杂交为主，人工去雄仍是杂交制种的主要手段的原因。
1.栽培密度 栽培密度不仅影响单位面积内的总株数，直接影响制种产量。为方便授粉操作和灌溉，母本田均采用每畦栽两行的方法。垄的取向，要根据本地的真实的情况，注意易于排水和灌水，尽量避开强光辐射，减少日灼病的发生。
畦面的宽窄，通常要根据母本的特征特性而定。对母本熟性早、生长势一般、授粉后坐果率高的品种，包沟包畦宽在1米左右较好；母本生长势强且不易坐果的品种，则畦面特别是沟要适当宽一些，宽度可在1.5米左右。株距同样要根据母本的性状而定。
2.授粉结束后的肥水管理授粉结束后肥水管理的好坏，直接影响辣椒种子的千粒重。一般授粉期在30天左右，授粉结束时，辣椒已进入结果盛期，单株坐果数很多，前期果较大，后期果偏小，总产量并不高的原因是由于后期肥水管理没有跟上，造成后期果种子发育不好，声效种子数不多，种子千粒重偏低。
经观察和研究，去雄授粉后坐果率最高和单果种子数多的花蕾层次是2-6层，7-9层花的坐果率虽会降低，但由于开花集中，便于授粉，也是辣椒杂交授粉的最佳授粉层次； 4-6层花不仅坐果率高，而且单果种子数较多，种子千粒重大，占单株产量一半以上，是制种的关键时期；8-9层花也是构成单株产量的主要部分。主枝花和侧枝花的坐果率、单果种子数及种子千粒重的研究根据结果得出，去雄授粉后，2-7层主枝花的坐果率、单果种子数和种子千粒重都高于侧枝花。
目前，我国各制种基地根据不同的情况，采用不一样的整枝方式。海南制种基地，打部分侧枝或不打；北方基地以主枝花蕾授粉为主；而华东地区大棚栽培基地，一般不打侧枝，侧枝花授粉也成为制种的一部分。
授粉时期与制种产量经多年摸索，海南的授粉期是11月至翌年2月，最佳授粉期在12月；山西的最佳授粉期是6月底至7月上旬；华东地区的最佳授粉期是4月下旬至5月中旬；东北和西北的最佳授粉期是7月。对于某一制种田，也应根据辣椒苗的生长情况，选择最佳的授粉时期。前期辣椒苗生长较弱，应推迟授粉期。
根据对大规模的制种田的调查能够准确的看出，一天中以7-10时和16-19时的授粉坐果率较高，不同的制种基地最佳授粉时间不同。因此各制种基地在对同一天授粉时间的安排应根据本地的有利条件，避开不利于授粉结果的时间，来提高授粉后的坐果率和单果种子数，以提高制种产量。海南基地，从12月至翌年1月，上午 8-12时，下午2-7时，气温都很适宜去雄授粉，坐果率高。但有些地方露水大，授粉时间能往后推1-2小时。华东地区大棚内授粉，则尽量利用早晨6- 10时，下午3-7时授粉，避开中午高温时间。北方基地授粉时间在6-11时和16-20时，主要是避开中午的强光辐射。
良好的自然条件 其包括温度、光照、水分、肥力、土壤质地，隔离条件、无霜期长短和交通情况等，它必须最有利于杂交制种。
（1）基地无霜期要超过120天 辣椒定植到大田后，大约过30天才可以授粉；一般辣椒开花期在30-50天之间，授粉期也是在30天左右；授粉后约经50-70天生长，辣椒果实达到生理成熟，方可采种。辣椒从定植开始，授粉到采种在大田中需要生长110-130天。
（2）连续日平均温度在20℃-25℃的天数不少于70天。日平均温度20℃-25℃，最高温度不高于30，最低温度高于15℃最适宜辣椒的生长。这种条件下，辣椒从授粉到果实成熟，大约需要50-70℃。
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